Les affinités des Stylidiaceae restent à définir, mais le pollen de la plupart des espèces ressemble à celui des
Campanulaceae, d’autres caractères sont également communs.
La famille est habituellement divisée en 2 sous-familles. Les
Donatioideae ont des pétales libres, et 2-3 étamines libres. Le seul genre est
Donatia, placé par certains spécialistes dans sa propre famille, les Donatiaceae. Les
Stylidioideae ont des pétales soudés à la base et 2 étamines soudées au style jusqu’à l’apex. On y distingue 2 tribus. Les Phyllanchneae possèdent des anthères avec des loges connées à l’apex, formant 2 anthères courbées, chacune avec une loge unique (
Phyllanche,
Forstera...). Les Stylideae possèdent des anthères à 2 loges (
Oreostylidium,
Levenhookia,
Stylidium).