On trouve, réunis dans cette famille, des caractères à la fois archaïques et évolués, ce qui a longtemps embarrassé les systématiciens : après avoir été, selon les critères envisagés, associés dans une même section avec des
Pinales puis avec des
Taxodiales, les Araucariaceae sont à présent estimés assez originaux pour constituer un ordre à part. Considérant la distribution restreinte de certains caractères évolués, on admet que cet ordre est l'aboutissement d'une lignée évolutive autonome (Heintze, 1927)
La mise au jour de troncs sub-fossilisés d'
Agathis australis dans certaines régions de Nouvelle-Zélande où l'on ne trouve pas d'échantillons vivants démontre l'extension primitive de cette espèce. Le long des pentes sud de la cordillère des Andes, de semblables découvertes ont révélé la présence d'anciennes forêts d'
Araucaria araucana. Par ailleurs, les fossiles trouvés dans certaines couches du Mésozoïque témoignent d'une abondante distribution, à cette époque, de végétaux du type araucarien, y compris dans l'hemisphère nord. De nombreux caractères, en particulier l'anatomie du bois, rapprochent les
Araucaria des
Cordaïtes, genre du Paléozoïque dont on fait l'ancêtre des Coniferopsides.
Chez les Araucariaceae, la phylogénie est assez bien connue car il existe des fossiles probants qui montrent des stades d'évolution différents pour les divers organes : l'appareil végétatif à évolution rapide serait surévolué, l'appareil mâle à évolution un peu lente commencerait la surévolution, l'appareil femelle serait seulement très évolué, la soudure de l'écaille et de la bractée est réalisée dans les espèces actuelles alors que ces pièces étaient encore séparées chez les ancêtres du Tertiaire.
A l'interieur de la famille, les relations intergenerique, longtemps sujettes à discussion, ont été élucidées grace à l'étude génétique basée sur la comparaison du gène plastidien rbcL (Setoguchi et al. 1998). Il en résulte que, si les trois genres sont bien monophylétiques, c'est le genre relictuel
Wollemia qui est le plus ancien.