Bien que certains groupes d'espèces soient si proches qu'ils puissent être regroupés par genres (
Mahonia-Berberis, Vancouveria-Epimedium...), les genres de cette famille sont par ailleurs tellement à part et montrent des combinaisons de caractères si variées que la cohérence de la famille se situe plus au niveau de liens entre les caractères que par des caractères déterminants commun à tous.
Hutchinson avait adopté une classification basée sur sa dichotomie espèces herbacées / espèces ligneuses. Les espèces ligneuses étaient classées en deux familles, les Berberidaceae et les Nandinaceae, alors que les espèces herbacées, proches des
Ranunculaceae, étaient groupées parmi les Podophyllaceae, et parfois parmi les Leontidaceae. Cela ne tient pas compte des affinités des genres ligneux
Berberis et
Mahonia avec les genres herbacés
Epimedium et
Vancouveria, ni de la différence importante entre
Podophyllum et
Diphylleia.
Une classification plus naturelle consiste à diviser les Berberidaceae en deux sous familles.
La première, les
Podophylloideae ne comporte que les genres
Podophyllum et
Diphylleia.
L'autre sous famille, les
Berberidoideae, comprends tous les autres genres et se décompose en plusieurs tribus : les Nandineae, les Berberideae, les Epimedieae et les Achlyeae.
Presque toute la famille est constituée par deux grands genres, très proches parents :
Berberis à feuilles simples et entières, surtout de l'Ancien Monde et
Mahonia à feuilles composées pennées surtout d'Extrême-Orient et d'Amérique du Nord. Les autres genres sont mineurs :
Podophyllum, Dysosma de l'Asie tempérée, genres jadis unifié sous le nom du premier,
Epimedium, Leontice, Jeffersonia.
Les Berberidaceae montrent certains interets biogéographiques : quelques genres (
Achlys, Diphylleia, Jeffersonia, Caulophyllum et
Podophyllum) ont des aires de répartition disjointes, de type amphi-pacifique, car chacun possèdent des espèces en Amérique du nord, et d'autres en Asie orientale. Il faut aussi souligner le genre
Vancouveria, endémique du nord-ouest des Etats-Unis, qui possède de grandes affinités avec le genre
Epimedium, genre essentiellement asiatique.
Cette famille est souvent placée près des
Ranunculaceae et des
Papaveraceae, sans pourtant y être rattachée.
Les Berberidaceae sont nettement plus spécialisées que les
Ranunculaceae ; mais, telles qu'on peut les estimer d'après les architectures florales, les affinités entre les deux familles sont évidentes ; elles apparaissent encore plus nettement si l'on tient compte du critère chimique : les Berbéridaceae produisent aussi des substances âcres et vésicantes, ainsi que des alcaloïdes isoquinoléiques, parmi lesquels la berbérine, élaborée par certaines
Ranunculaceae.
La famille est assez cosmopolite. Bien présente dans les régions tempérées de l'hémisphère nord, on la trouve jusque dans les montagnes d'Amérique du sud pour certaines espèces arbustives.
