Les Podocarpaceae sont habituellement décrites comme dioïques, mais la monécie existe aussi.
Le cône mâle est solitaire et terminal, ou assemblés en petits groupes souvent spiciformes, et axillaires. Ils sont fréquemment amentiformes. Sessiles ou pédonculés, ils possèdent de nombreuses microsporophylles imbriquées et spiralées, portant chacune deux sacs polliniques.
Les grains de pollen présentent deux particularités intéressantes : ils sont souvent munis de 1-2 ballonnets formés par des décollements de l'exine (caractère commun avec beaucoup de Pinales) et ils comportent, en plus des noyaux migrant dans le tube pollinique, plusieurs noyaux prothalliens (caractère commun avec les Araucariaceae).
L'appareil femelle est caractéristique de l'ordre. Les cônes femelles , mûrissant en un an, sont axillaires ou terminaux, solitaires ou parfois assemblés en groupes spiciformes. Les macrosporophylles, en nombre variable, sont spiralées et uniovulées. Parfois, seules les apicales sont fertiles, d'autres fois le cône femelle est réduit à quelques macrosporophylles charnues.
Après la pollinisation, l'ovule se renverse sur lui-même ; le micropyle se trouve ramené près du point d'insertion de l'appareil femelle. On peut donc parler, à maturité, d'ovule anatrope, ce qui est un cas unique chez les
Coniferopsides. En même temps, il s'est recouvert d'une deuxième enveloppe qui a reçu le nom d'épimatium.
Parallèlement à ces transformations, il se développe un pédoncule plus ou moins charnu qui porte l'appareil femelle : c'est le pied qui a donné son nom à l'ordre.
L'interprétation de cet appareil reproducteur, surtout de l'épimatium apparemment aberrant au sein des Gymnospermes, fut difficile du fait de la concrescence de toutes les pièces entre elles à maturité. Deux explications furent fournies :
- selon R. Pilger, l'épimatium représente la bractée axillant l'ovule et entoure ce dernier à maturité ; l'appareil femelle est une fleur, l'épimatium a valeur de feuille carpellaire (dispositif menant à l'angiospermie) ;
- selon O. Hagerup, l'épimatium correspond à la concrescence entre un axe secondaire et ses préfeuilles, l'ovule avec son tégument étant une des productions de cet axe secondaire ; l'ensemble de l'appareil femelle est donc une inflorescence ou cône et l'épimatium est l'équivalent de l'écaille ovulifère des Pinales.
Cette seconde interprétation a été confirmée par C. Lemoine-Sébastian qui a suivi l'ontogenèse de l'ovule et mis en évidence les traces vasculaires permettant d'identifier ses différents composants.
Dans ses grandes lignes, le cycle de reproduction sexuée des Podocarpaceae est semblable à celui des autres Gymnospermes ; il s'effectue le plus souvent en un an, dans les espèces étudiées jusqu'à maintenant. Lorsque la graine est mûre, l'épimatium et le pied sont souvent charnus et même quelquefois vivement colorés.
Les semences de Podocarpaceae évoquent donc beaucoup plus un fruit d'
Angiosperme qu'un cône de Gymnosperme. La germination des graines est épigée ; la plantule est dicotylédonée.