Les Amaryllidaceae sont très voisines des
Liliaceae, et y sont désormais fréquemment rattachées dans les classifications phylogénétiques.
La composition de la famille est variable selon les auteurs. Dans le cas le plus simple, comme ici, on peut y distinguer deux groupes, selon l’absence ou la présence d’une couronne. Le premier cas, considéré comme le plus primitif, comprends des genres tels que
Galanthus,
Leucojum,
Amaryllis,
Crinum,
Clivia et
Zephyranthes. Les genres plus évolués, qui possèdent une couronne, comprennent
Narcissus,
Pancratium et
Hymenocallis.
Généralement, on reconnait deux sous-familles, les Amarylloideae aux inflorescences ombelliformes et munies de spathes, et les Hypoxidoideae aux inflorescences jamais ombelliformes et dépourvues de spathes.
Il existe de nombreux désaccords sur les genres qui devraient être, ou non, inclus dans cette famille. Une tendance courante consiste à ranger
Allium et les genres proches (
Agapanthus,
Brodiaea) parmi les Liliaceae, à cause de leur ovaire supère, alors que certains spécialistes les inclus dans les Amaryllidaceae, à cause de leur inflorescence en ombelle. D’autres taxonomistes considèrent que cette combinaison de caractères justifie la création d’une famille indépendante des Alliaceae.
Agave et
Vellozia ont également été considérés comme faisant partie des Amaryllidaceae, mais ils sont ici placés respectivement dans les
Agavaceae et les
Velloziaceae.
Hypoxis,
Curculigo et quelques autres genres sont parfois inclus dans la famille des Hypoxidaceae. De même,
Alstroemeria,
Bomara,
Leontochir et
Schickendantzia forment, pour certains, la famille des Alstroemeriaceae.
Acanthochlamys a de même été longtemps placé parmi les Velloziaceae (Wu, J. Jap. Bot. 63: 297–311. 1988) ou placé dans sa propre famille, celle des Acanthochlamydaceae (Kao, Acta Bot. Sichuan. 1–14. 1989).