Les fleurs sont actinomorphes et unisexuées (dioecie ou monécie). Généralement solitaires et axillaires, elles peuvent être assemblées en petits fascicules axillaires ou terminaux sur des brachyblastes.

Le périanthe, composé de 6-24 pièces libres et imbriqués, n'est toujours pas clairement différencié en sépales et pétales, mais les pièces les plus internes sont pétaloïdes. Elles sont disposées sur au moins 2 verticilles.

Les fleurs mâles possèdent des étamines, dont le nombre est compris entre 4-5 et 120, qui sont disposées sur 1 ou plusieurs verticilles. Généralement libres, elles peuvent etre plus ou moins connées en une masse globuleuse à discoide. Les filets sont courts ou absents, et les anthères sont tetraloculaires, basifixes, à dehiscence longitudinale.

Les fleurs femelles possèdent un ovaire supère consistant en 12-300 carpelles libres, disposés sur un nombre variable de verticilles, portés par un réceptacle allongé ou obovoïde. La placentation est marginale à pendante. Il y a 2 ovules anatropes, rarement 3-11, dans chaque carpelle. Elles sont dépourvues de staminodes.

Le fruit est un ensemble de nombreuses drupes sessiles renfermant chacune 1-5 graines aplaties avec un petit embryon entouré d'un albumen abondant.

Les Schisandraceae sont classiquement considérées comme alliées aux Illiciaceae, surtout depuis une étude menée par A.C. Smith (1947). Des études embryologiques (R. N. Kapil et S. Jalan, 1964) ont remis en question ces résultats. Dans sa monoggrahie, A.C. Smith postulait aussi pour une relation étroite entre les Schisandraceae et les Magnoliaceae. J. Hutchinson (1973) concluait que les Schisandraceae étaient probablement dérivées des Magnoliaceae. Des études menées sur les pollens ont montré que les Schisandraceae et les Illiciaceae étaient relativement proches des Winteraceae (J. W. Walker and A. G. Walker, 1984). Les études compranant les nucléotides du gène du type rbc L (M. W. Chase et al., 1993 et aussi Qiu Y. L. et al., 1993) ont conclu que les Schisandraceae, étaient proches des Illiciaceae et des Austrobaileyaceae, mais pas des Winteraceae.