La place systématique des Polygalaceae, famille très homogène, a fait l'objet de divergences. Certains auteurs les considèrent comme des
Sapindales ; d'autres en font un ordre spécial, celui des Polygalales, qu'Hutchinson rapproche des
Violales du fait de la zygomorphie des fleurs et de la réduction des étamines et des ovules. La famille la plus proche est celle des
Krameriaceae. Les
Fabaceae ne sont pas liées à la famille, et les similarités florales sont dues à une évolution parallèle.
La famille a été divisée en trois tribus (Chodat, 1891) : les
Polygaleae, renfermant la majorité des genres, les
Moutabeae, tribus d'Amérique tropicale, et les
Xanthophylleae, représentées seulement par le genre
Xantophyllum, parfois individualisé comme famille distincte Xanthophyllaceae, sur la base des étamines presque libres et de leur ressemblance superficielle avec les
Cesalpiniaceae. Les tribus et les genres de la famille sont par ailleurs differenciables par les fruits :
Polygala et
Bredemeyera ont une capsule,
Securidaca possède une samare,
Monnina et
Carpolobia ont une drupe et
Atromixia une nucule. Mais cette subdivision de la famille a été fortement remise en question par deux études (Styer, 1977 et Verkerke; 1984 et 1985).