Les affinités des Thymeleaceae avec d'autres familles restent peu claires. 
 
On les place généralement parmi les 
Myrtales, mais certains spécialistes les associent aux 
Flacourtiaceae. L'évolution des Thymeleaceae se fait dans le sens d'une simplification du plan floral qui va jusqu'à l'apétalie, l'isostémonie, la monomérie avec un seul ovule dans le gynécée. Parfois, la famille a été considérée comme un ordre (Thymeleales), englobant aussi les 
Eleagnaceae, les 
Penaeaceae, les 
Oliniaceae et les 
Geissolonataceae. Cet ordre a pu parfois être rattaché avec raison aux 
Malvales et aux 
Euphorbiales, ou mieux encore à celui de certaines 
Sapindales et 
Rubiales. En effet, la disposition du liber, la présence d'ombelliférone (cétone) et de pollen trinucléé, la ressemblance étonnante avec une petite 
Rubiaceae équatoriale (
Geophila), le pollen crotonoïde évoquant les 
Euphorbiaceae et la présence de québrachitol que l'on retrouve chez les 
Sapindaceae sont autant d'éléments de doute quant à la position systématique de ce groupe au milieu des autres. 
Cependant, le rattachement des Thymeleaceae au tronc phylétique Myrtales-Rosales semble le plus probant. 
La famille est généralement divisée en 4 sous-familles.
Les 
Thymelaeoideae, à ovules uniques et pendants, groupent la majorité des genres : 
Gnidia et 
Lasiosiphon d'Afrique, de Madagascar, d'Inde et de Ceylan, 
Pimelea d'Australasie, 
Wikstroemiarépandu d'Australasie jusqu'au sud de la Chine, 
Daphne en Australasie, en Eurasie et en Afrique du nord. Les 
Thymelea sont de petites herbes annuelles, ce qui est exceptionnel dans cette famille.
Les 
Aquilarioideae, avec 2 ovules pendants, rarement plus, comprennent 7 petits genres de la région Pacifique et d'Afrique, et le genre 
Octolepis d'Afrique de l'ouest, avec un ovaire à 4-5 loges, le fruit étant une capsule.
Les 
Gonystyloideae groupent 3 petits genres du sud-est asiatique, dont 
Gonystylus, qui possèdent de nombreuses étamines.
Les 
Gilgiodaphnoideae ne groupent qu'un seul genre, 
Gilgiodaphne, de l'Afrique de l'est tropicale, avec 4 étamines et 4 staminodes soudés en un tube.