Les affinités des Thymeleaceae avec d'autres familles restent peu claires.
On les place généralement parmi les
Myrtales, mais certains spécialistes les associent aux
Flacourtiaceae. L'évolution des Thymeleaceae se fait dans le sens d'une simplification du plan floral qui va jusqu'à l'apétalie, l'isostémonie, la monomérie avec un seul ovule dans le gynécée. Parfois, la famille a été considérée comme un ordre (Thymeleales), englobant aussi les
Eleagnaceae, les
Penaeaceae, les
Oliniaceae et les
Geissolonataceae. Cet ordre a pu parfois être rattaché avec raison aux
Malvales et aux
Euphorbiales, ou mieux encore à celui de certaines
Sapindales et
Rubiales. En effet, la disposition du liber, la présence d'ombelliférone (cétone) et de pollen trinucléé, la ressemblance étonnante avec une petite
Rubiaceae équatoriale (
Geophila), le pollen crotonoïde évoquant les
Euphorbiaceae et la présence de québrachitol que l'on retrouve chez les
Sapindaceae sont autant d'éléments de doute quant à la position systématique de ce groupe au milieu des autres.
Cependant, le rattachement des Thymeleaceae au tronc phylétique Myrtales-Rosales semble le plus probant.
La famille est généralement divisée en 4 sous-familles.
Les
Thymelaeoideae, à ovules uniques et pendants, groupent la majorité des genres :
Gnidia et
Lasiosiphon d'Afrique, de Madagascar, d'Inde et de Ceylan,
Pimelea d'Australasie,
Wikstroemiarépandu d'Australasie jusqu'au sud de la Chine,
Daphne en Australasie, en Eurasie et en Afrique du nord. Les
Thymelea sont de petites herbes annuelles, ce qui est exceptionnel dans cette famille.
Les
Aquilarioideae, avec 2 ovules pendants, rarement plus, comprennent 7 petits genres de la région Pacifique et d'Afrique, et le genre
Octolepis d'Afrique de l'ouest, avec un ovaire à 4-5 loges, le fruit étant une capsule.
Les
Gonystyloideae groupent 3 petits genres du sud-est asiatique, dont
Gonystylus, qui possèdent de nombreuses étamines.
Les
Gilgiodaphnoideae ne groupent qu'un seul genre,
Gilgiodaphne, de l'Afrique de l'est tropicale, avec 4 étamines et 4 staminodes soudés en un tube.