La délimitation de la famille a été longtemps sujet à débat. Ici est exposé une vision large de la famille, telle qu'envisagée G. K. Brown et G. S. Varadarajan (1985). Dautres auteurs ont exclus des Phtylocaccaceae un certain nombre de ses sous-familles. A. Cronsquist a écrit, en 1981, que "chacune des familles individualisées (...) apparait être un groupe naturel, mais collectivement, elles dépendent du reste des Phytolaccaceae. Je ne vois pas raison de ne pas les considerer comme des tribus ou des sous-familles."
La sous-famille des
Phytolaccoideae groupe des plantes au périanthe unique, avec un ovule apotrope par carpelle. On y distingue 5 tribus :
- les
Phytolaceae (
Anisomeria, Ercilla, Phytolacca)
- les
Berbeueae (
Barbeuia), dont l'espèce ligneuse grimpante
Barbeuia madagascarensis est parfois considérée comme l'unique représentant de la famille des Barbeuiaceae
- les
Gyrostemoneae (
Gyrostemon, Codonocarpus, Didymotheca), parfois aussi individualisées comme Gyrostemonaceae
- les
Rivinieae (
Hilleria, Ledenbergia, Monococus, Petitveria, Rivinia, Seguieria, Trichostigma), qui avec leur bois à structure particulière, forment parfois les Petitveriaceae
- les
Agdestideae (
Agdestis), formant parfois la famille des Agdestidaceae.
La sous-famille des
Stegnospermatoideae groupe un seul genre,
Stegnosperma au périanthe double, aux ovules épitropes, au fruit capsulaire, aux graines pourvues d'une arille rouge et aux glandes pourvues d'oxalate de calcium. C'est un groupe parfois individualisé en la famille des Stegnospermataceae.
La sous-famille des
Microteoideae groupe des espèces au périanthe unique, au gynécée uniloculaire avec 2-4 stigmates à 1 ovule basal, aux fruits secs. On y admet deux genres (
Microtea, Lophirocarpus) parfois réunis en un seul.
La sous-famille des
Achatocarpoideae groupe des plantes aux fleurs unisexuées, avec dioecie, aux 2 carpelles soudés, aux 2 stigmates, à l'ovaire uniloculaire à un seul ovule, devenant une baie. Les deux genres répertoriés sont
Achatocarpus et
Phaulothamnus, qui forment selon certains la famille des Achatocarpaceae et parfois celle des Phaulothamnaceae pour le second genre.
Les Phtytolaccaceae sont une famille qui, grâce à la sous-famille des Microteoideae, représente une transition avec les
Chenopodiaceae.