Les fleurs, parfumées, sont souvent pendantes et fréquemment ouvertes avant le développement complet des autres organes. Elles sont actinomorphes et bisexuées, rarement unisexuées. Elles sont groupées en inflorescences terminales, axillaires ou opposées aux feuilles, ou sont parfois solitaires. Il existe quelques cas de cauliflorie.
Le périanthe est généralement constitué de 3 verticilles de 2-3 pièces chacun. L'externe, formé de trois éléments plus petits que ceux des verticilles internes, peut être interprété comme un calice trimère entourant une corolle hexamère. Ainsi, on trouve généralement 3 sépales hypogynes, valvaires ou imbriqués, libres ou soudés à la base, parfois caducs, d'autres fois persistant et englobant le fruit. La corolle est composée de 2 verticilles de 3 pétales hypogynes, bien que le verticille interne manque parfois. Ils sont valvaires ou imbriqués, bien, que les deux types de prefloraison puissent coexister chez certains genres au sein d'une même fleur.
Les étamines, hypogynes, sont nombreuses et disposées en spirale sur le receptacle, rarement peu nombreuses et verticillées. Les anthères sont biloculaires, à déhiscence extrorse ou laterale, rarement introrse.
L'ovaire, supère, se compose généralement de nombreux carpelles, généralement indépendants, plus ou moins enfoncés dans le receptacle. Plus rarement, l'ovaire est uniloculaire, pluriovulé et de placentation pariétale. Les ovules, uniques ou nombreux, sont anatropes : ils occupent la base de la loge ovulaire ou sont disposés en 1 ou 2 séries le long de la suture ventrale. Les styles sont courts et libres, parfois absents, et les stigmates sont capités à oblongs, plus rarement bilobés.
Fig. 1 : Fleurs des Annonaceae. A Desmos chinensis, B Uvaria grandiflora, C Asimina triloba, D Annona muricata, E Hornschuchia bryotrophe, F Cymbopetalum mayanum, G Guatteria pudica, H Monodora undulate
La fleur de nombreuses espèces fonctionne comme un piège pour les coléoptères pollinisateurs.
Le fruit est un syncarpe plus ou moins charnu : il est formé de plusieurs monocarpes résultant chacun du développement d'un carpelle. Si, dans l'ensemble de la famille, les carpelles libres se transforment, après la fécondation, en autant de méricarpes secs et indéhiscents, un progrès évolutif important est réalisé dans le genre
Annona. Les carpelles, disposés suivant des hélices à tours très serrés, se soudent après la fécondation et forment un volumineux syncarpe succulent.
Les graines, souvent arillées, ont un albumen ruminé et un embryon minuscule.
Fig. 2 : Le fruit des Annonaceae. A : le fruit méricarpique de Desmopsis verrucipes, B : le fruit méricarpique lomentacé de Desmos chinensis, C : le fruit syncarpique d'Annona verrucosa